桂林市水利局设8个内设机构：

  （一）办公室

　　负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担宣传、信息、保密、安全、信访、政务公开、机关后勤服务工作。

　　（二）人事科

　　负责机关和直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资、教育培训、职称改革等工作，指导全市水利系统职工教育培训工作。负责机关和直属单位离退休人员管理工作。

　　（三）财务科

　　负责编制市本级水利部门预、决算并负责预算的执行；承担自治区和市本级水利建设资金的监督管理工作；承担局机关和局属单位国有资产、政府采购和非税收入管理工作；负责局机关财务管理，指导全市水利行业和局直属单位财务管理工作；研究提出预算管理、资金管理、政府采购管理、国有资产管理、非税收入管理等制度、办法。

　　（四）水政水资源科

　　组织实施水资源论证、取水许可、水资源有偿使用等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；发布全市水资源公报；拟订水量分配方案和水功能区划并监督实施，负责水资源调度工作；组织编制水资源专项规划；指导饮用水水源保护、城市供水水源规划及非传统水资源开发的工作；负责入河排污口设置审批工作；指导计划用水和节约用水工作；负责规范性文件的审查、解释、备案和清理工作；参与与水有关的法规研究起草和协调工作；承办水利行政诉讼、行政复议、普法教育工作；实施指导水政监察和水行政执法工作；协调、处理县（区）间水事纠纷的调处工作。牵头负责行政审批工作。

　　（五）规划计划科

　　指导全市水利规划工作，拟定水长期供求计划，拟订水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划；指导水工程建设项目合规性审查工作；负责提出中央、自治区和市本级财政性资金安排意见，提出中央、自治区和市本级水利建设投资安排建议；负责水利综合统计工作。

　　（六）行政审批科

　　负责行政审批以及有关水利项目技术审查审批工作；草拟水利科学建设发展规划；负责重要水利科学研究、水利科技成果鉴定、管理及科技推广工作；监督实施水利行业技术标准和规程规范；负责水利工程突发事件技术处理。

　　（七）防汛抗旱科（桂林市防汛抗旱指挥部办公室）

　　编制市防汛抗旱应急预案并组织实施，组织指导县、区编制各种防御洪水方案、防洪抗旱调度方案和应急水量调度方案并监督实施；负责全市水旱灾害和防汛抗洪抢险、抗旱情报工作，拟定、监督执行防灾减灾应急处置措施；指导和组织协调全市防汛调度指挥的现代化系统建设和运行。承担市防汛抗旱指挥部的日常工作事务，履行指挥部授权的组织、协调、监督、指导全市防汛抗旱工作的职责。

　　（八）纪检监察室

　　负责绩效考核、局机关和局直属单位的行政监察工作和党群工作。